رشته اول مثل نامبردگان بالا و بعضى در رشته دوم « علوم دينى » عالم بودند ، مثلًا خواجه نصير ، جنبه فلسفه و علوم مادى او غلبه بر علوم دينى او داشت و نزد علامه فقه تعليم مىگرفت و بالعكس علامه حلى نزد خواجه فلسفه تحصيل مىكرد ، كم كم ميان اين دو رشته ، جدايى افتاد ؛ تا كار به آن جا رسيد كه علماى دينى نسبت به علوم مادى و علم بدن بىرغبت و بىاعتناء شدند . اتفاقاً در همين دوره اين رشته علوم در اروپا شروع به سير تصاعدى و رو به مراحل كمال مىرفت تا نتيجه اين شد كه ما از قافله تمدن و صنعت و علوم عصرى عقب افتاديم و اروپاييان بر ما آقايى پيدا كردند . اما غربيان در معنويات و علوم دينى از ما عقب افتادند و در منجلاب ماديات غرق شدند . شيخ بهايى از علوم رسمى و مادى و فلسفه و رياضيات در اشعار نان و حلوا و غيره مزمت مىكرد . با اين كه خودش در اغلب اين علوم مهارت داشته و كتاب‌هايى هم دارد و نوشته خودش را « 1 » نيز مذمت مىكند . روى اين جهت است كه شخص بخواهد اين علوم را موضوعيت بدهد و همه عمرش را در اين علوم رسمى و مادى صرف كند . مانند :

--> ( 1 ) . چنان‌چه گويد : تا كى زشفاش شفا طلبى * از كاسه زهر دواطلبى سرگرم به حكمت يونانى * دل سرد ز حكمت ايمانى اى كرده به علم مجازى خوى * نشنيده زعلم حقيقى بوى در علم رسوم چه دل بستى * بر اوجت اگر ببرد پستى يكدر نگشود زمفتاحش * اشكال فزود زايضاحش ز مقاصد او مقصد ناياب * ز مطالع او طالع در خواب راهى ننمود اشاراتش * دل شاد نشد ز بشاراتش محصول نداد محصل آن * اجمال فزود مفصل آن اندر پى آن كتب افتاده * پشتى به كتاب خدا داده نى رو بشريعت مصطفوى * نى دل به طريقت مرتضوى بى بهره زعلم فروع و اصول * شرمى بادت زخدا و رسول علمى بطلب كه تو را فانى * سازد زعلايق جسمانى